Podstawowy cel działań zakładu to rozwijanie i wdrażanie ekosystemowego podejścia do zarządzania zasobami żywymi, tj. uwzględnianie wpływu czynników środowiska na zasoby i wpływu działalności rybackiej na ekosystem.

Realizacja tej tematyki odbywa się poprzez następujące zagadnienia badawcze:

• Biologia i znaczenie populacji ryb w ekosystemie Morza Bałtyckiego, w tym:

- określanie wpływu czynników naturalnych i antropogenicznych na procesy życiowe i zachowanie się ryb (m.in. reprodukcja, wzrost, odżywianie, migracje),
- wybrane parametry i charakterystyki ryb jako biowskaźniki zmian zachodzących w środowisku,
- genetyczna charakterystyka eksploatowanych zasobów ze szczególnym uwzględnieniem możliwości identyfikacji populacji.

• Określanie dynamiki i produkcji stad ważniejszych gatunków ryb odławianych przez polskie rybołówstwo bałtyckie i dalekomorskie jako podstawa do racjonalnej eksploatacji ich zasobów.
• Zwiększanie selektywności narzędzi połowu poprzez dobór konstrukcji i rodzaju materiału sieciowego oraz badanie ich wpływu na parametry techniczne narzędzi.