Podstawowym celem Zakładu Oceanografii Rybackiej i Ekologii Morza są badania naukowe oraz przygotowywanie ekspertyz w zakresie:

• biologii i ekologii wczesnych stadiów rozwojowych ryb morskich i słonawowodnych
• uwzględniania czynników środowiskowych w zarządzaniu zasobami ryb
• bazy pokarmowej ryb i ich odżywiania
• funkcjonowania ekosystemów przybrzeżnych i estuariowych
• modelowania ekologicznego