Podstawowym celem działania Zakładu Technologii i Mechanizacji Przetwórstwa jest prowadzenie badań i prac usługowych, w tym szkoleń, w zakresie technologii, mechanizacji i zarządzania jakością w przetwórstwie ryb i innych organizmów pochodzenia wodnego na cele konsumpcyjne i paszowe.

Zakład Technologii i Mechanizacji Przetwórstwa prowadzi prace badawcze dotyczące zapewnienia jakości zdrowotnej surowców i produktów pochodzenia morskiego oraz optymalizacji procesów technologicznych stosowanych w przetwórstwie rybnym. Ponadto wspiera przedsiębiorców branży rybnej w zakresie:

• interpretacji i zastosowania wymagań przepisów prawnych w zakresie zapewnienia jakości zdrowotnej i handlowej surowców i produktów pochodzenia morskiego oraz ich przetwórstwa, przechowywania i obrotu,
• opracowania, wdrażania, weryfikacji i doskonalenia systemów zarządzania jakością i bezpieczeństwem żywności w przetwórstwie rybnych surowców żywnościowych (HACCP, IFS, BRC, ISO 9001, ISO 22000,  identyfikowalność, MSC)
• zasad Dobrej Praktyki Produkcyjnej (GMP) i Dobrej Praktyki Higienicznej (GHP) w przetwórstwie ryb, -określania standardów rynkowych dla przetwórstwa rybnego
• technologii i mechanizacji przetwórstwa rybnego, w tym procesów cieplej sterylizacji żywności.